Banyak hal yang terjadi setelah tenggelamnya Ahmat di sebuah bendungan (waduk) angker bekas peninggalan belanda di desanya. Ahmat mendadak dikenal banyak orang. Tidak hanya itu, ia juga jadi lebih dekat dengan sosok Sutaji,penjaga Bendungan yang berhasil menyelamatkan nyawanya. Sejak hari itu ia tahu bahwa Cak Taji menaruh hati pada gadis cantik bernama Lastri, anak semata wayang Munandar yang tak lain adalah rival kakeknya dalam pemilihan lurah beberapa tahun yang lalu.

Anak Kolong Bendungan bercerita tentang kehidupan bocah kelas II Madrasah Ibtidaiyah (MI) yang hidup di sebuah kampung di bawah kolong bendungan. Bendungan tidak hanya menjadi sistem perairan dan masalah irigasi semata, melainkan sudah menjadi bagian yang tak terpisahkan dari kehidupan mereka. Segala akal, pemikiran dan tindakan mereka bersumber dari apa yang leluhur mereka katakan tentang bendungan. Tempat ini menyimpan banyak mitos, legenda dan hal-hal gaib yang masih terjaga kelestariannya.

Cerita menjadi sangat menarik ketika Ahmat dipertemukan dengan anak kolong bendungan lainnya yang memiliki cerita berbeda tentang kolong bendungan. Dialah Cak Taji. Bahwahsanya ada hal lain yang dapat memisahkan dua orang anak manusia yang sedang jatuh cinta selain karena perbedaan status dan perjodohan. Yaitu perbedaan kepentingan politik. Perbedaan ideologi dan politik seringkali membuat banyak perpecahan termasuk kisah cinta Sutaji dan Lastri. Masalah jadi semakin runyam tak kalah Munandar dengan sebelah pihak menjodohkan Lastri dengan seorang pemuda pegawai kecamatan bernama Aziz yang tak lain adalah teman dekat Sutaji sendiri. Bagiamana kelanjutan kisah cinta dari tiga manusia ini? Akankah cinta mampu menyatuhkan mereka yang memilki pandangan politik yang berbeda? Kisah lengkapnya tertuang apik dalam novel ini.