Samurai Assasins menceritakan tentang seorang Samurai setengah Ninja yang bernama Ken Kirito yang tergabung dalam DSNM (Departemen Samurai-Ninja Modern) yang dipimpin oleh Sawamura Iwafumi, Pendekar Samurai ke V di Klan Iwafumi. Ken Kirito sudah diasuh olehnya sejak berumur 9 tahun ketika orang tuanya tewas karena diserang oleh sekelompok Samurai anti Ninja pada saat itu karena Ibunya seorang Ninja. Suatu hari, ketika ia berumur 19 tahun setelah menaklukan kelompok Samurai anti Ninja seorang diri. Ia mendapatkan misi dari Sawamura untuk menyamar menjadi guru penyihir di akademi penyihir Radars, Madrid, Spanyol. Misi yang ia jalankan adalah melindungi seorang murid perempuan Maria Carmona yang ternyata adalah seorang putri dari Ratu Carmona. Ia disebut sebagai target operasi untuk dijadikan persembahan oleh kelompok penyihir yang dikenal sebagai "Pencari Mukjizat" karena diduga memiliki kekuatan yang bisa mengubah dunia. Di Akademi Penyihir, ia dikenal dengan nama Sarah Marinka. Ini merupakan permintaan langsung dari Ratu Carmona melalui salah satu pengawas kerajaan yang mengenal Sawamura, Yoshiga. Kirito yang sebelumnya tidak menerima misi tersebut akhirnya menerima karena tabungan yang menipis. Ia ditemani rekan sekaligus sahabatnya, Zen Rafael Wizard dan Shiranui Kushina. Sebelum melakukan misi, mereka dilatih terlebih dahulu selama 3 minggu oleh Celica Catania, seorang guru sihir dari akademi penyihir Radars yang nantinya akan menjadi cinta pertama Kirito. Dan disinilah pekerjaan Kirito, Zen dan Shiranui dimulai.
Cerita ini bergenre Action, Fantasy, Comedy, Samurai, Martial Arts, Super Power dan Romance. Dalam cerita ini akan dikemas dengan bahasa yang ringan (Pakai bahasa gaul khusus trio DSNM) sesuai dengan gaya penulisan yang senyaman mungkin dari si penulis cerita.