Di tengah pergolakan sejarah yang penuh darah dan luka, Hong, Qilin, dan Dua Negeri menuturkan kisah tiga tokoh yang terhubung oleh nasib dan sejarah kelam. Leng, perempuan teguh dari Tiongkok yang harus menjalani hidup baru di Indonesia, meninggalkan kampung halaman untuk selamanya di tengah peperangan. Ia hidup keras di negeri asing itu, berjuang mempertahankan keluarga yang tersisa meski tak bisa luput dari pengkhianatan.
Dari hubungan terlarang, lahir Giok—anak haram yang terpaksa tumbuh di dunia penuh kecurigaan dan gelapnya politik. Tertuduh sebagai anggota PKI, ia ditangkap dan dipaksa menanggung beban yang tak terbayangkan: disiksa, diperkosa, hamil di dalam jeruji, hingga akhirnya merelakan kewarasan terakhirnya.
Anak yang dilahirkan Giok, Ken, tumbuh sebagai saksi hidup akan luka dan rasa hina yang diwariskan padanya. Dalam kemiskinan yang menyiksa dan di bawah tekanan rasisme, ia bertahan—hingga suatu hari ia menemukan kebenaran tentang asal-usulnya. Di Bandung yang terasa asing meski telah menjadi rumah, Ken harus berdamai dengan sejarah, persahabatan yang sirna, dan menerima siapa dirinya sebenarnya.