Sanctuary, sebuah organisasi dengan citra baik dan telah dipercaya melindungi Kepulauan Elysium dari monster-monster selama puluhan tahun. Suatu momen, ancaman besar dari negeri seberang, The Abyss, diisukan akan datang.

Demi memperkuat pasukan dalam waktu dekat, sang profesor utama, Atlas, mengajukan sebuah eksperimen untuk menjadikan seseorang sebagai wadah energi, agar anggota Sanctuary dapat mengeluarkan kekuatan dengan lebih besar.

Namun, eksperimen Atlas ternyata penuh risiko. Bahkan sebelum ancaman dari The Abyss datang, Sanctuary berada dalam ambang kehancuran oleh orang-orangnya sendiri. Lantas, bagaimana dengan nasib Kepulauan Elysium?