Setelah kematian orangtuanya di India, Mary Lennox anak yang pembangkang, manja, dan sangat egois terhadap apapun, dikirim ke rumah pamannya yang bernama Mr. Archibald Craven yang berada di Yorkshire, Inggris. Dimana pamannya itu tak pernah ada dirumahnya. Ia dijemput oleh Mrs.Medlock seorang pengurus rumah tangga di Missethwaite Manor. Awalnya Mary beranggapan bahwa Mrs. Medlock adalah wanita yang sangat menyabalkan dengan dandanannya yang menor.

Mary bertemu dengan Martha seorang pelayan dari Mrs. Medlock, ia adalah pelayan yang akan mengurus Mary. Mary sangat nakal dia sama sekali tidak bisa diam sama sekali. Selama berada di rumah pamannya dia sering menghabiskan waktu sehariannya di kebun yang di Tanami berbagai tumbuhan oleh Ben Weatherstaf, seringkali Mary ditegur oleh Ben karena bermain terlalu lama. Barulah setelah waktu menunjukkan sore hari, dia kembali kedalam rumah untuk makan malam yang telah disiapkan oleh Martha. Pada suatu hari saat Mary bermain di kebun dan menemukan sebuah Taman yang sangat menarik. Dan Burung Robinlah yang telah membantu Mary dalam mencarikan kunci Taman tersebut. Mulai hari itu Mary sering memasuki Taman rahasia tanpa sepengetahuan orang lain. Taman rahasia itu dianggap oleh Mary memiliki magic di dalamnya.
Kebersamaan Martha dan Mary membuat Martha berpikir untuk mengenalkan Mary dengan salah satu adiknya, ia bernama Dickon. Setelah perkenalan antara Mary dan Dickon, Mary selalu antusias untuk mendengarkan cerita Martha tentang Dickon dan semua binatang yang dimilikinya. Dan lagi ketika diceritakan bahwa Dickon dapat berbicara dengan para binatang dan dapat mengetahui berbagai tumbuhan di Padang Kerangas. Pada pertemuannya dengan Dickon Mary menceritakan segala tentang Taman rahais yang ditemukannya dan meminta Dickon untuk membantunya dalam berkebun.

Pada malam hari ketika hujan lebat Mary mendengar sebuah tangisan seorang anak kecil dari koridor rumah. Karena sifat penasaran yang dimilikinya, Mary menelusuri koridor tersebut. Namun saat Mary akan membuka sebuah pintu, ternyata diketahui oleh Mrs. Medlock hingga dia pun mengurungkan niatnya. Tetapi yang kedua kalinya Mary berhasil menemukan sumber tangisan itu. Anak laki-laki yang bernama Colin itu terlihat sangat kurus dan menyedihkan. Setelah mengetahui keberadaan Colin, Mary sering menemuinya setiap hari dan mulai menceritakan tentang Taman rahasia dan Dickon si anak yang dapat berbicara dengan binatang. Dari sana Mary, Dickon dan Colin sering bermain bersama di dalam Taman rahasia tanpa sepengetahuan orang dewasa dan memulai sebuah persahabatan yang abadi.