Pentana menjalani hari-hari terasingnya sebagai santri baru di sebuah pondok pesantren yang memiliki Bangunan Karantina. Dia menjadi santri yang terkucil di sana sebab wajahnya mengingatkan warga pesantren akan sebuah teror lama. Ketika mata Pentana ditimpa kutukan yang membuat matanya berubah menjadi sepasang sumur, teror lama itu muncul lagi ke permukaan. Tersebutlah kisah tentang "Sumur Hexana" yang menimbulkan ketakutan bagi semua santri. Pentana berkenalan dengan Quinizarin setelah mengalami Bencana Belatung yang membuat semua santri perempuan tidur bersama dalam Lingkaran Merah Balai Riung. Quinizarin mengisahkan asal mula tentang Sumur Hexana dan bagaimana kehidupan santri Hexana semasa hidup dulu hingga kemudian kematiannya menjelma mitos yang ditakuti.

Cerita kemudian terjalin bersama dengan masa lalu pendiri pesantren, Kiai Rubia, juga tentang wabah virus yang pernah melanda daerah pesantren itu. Seorang ilmuwan bernama Alizarin dicekam rasa penasarannya mendatangi daerah pondok pesantren tersebut demi menemukan spesies kelelawar endemik penyebar virus. Tak disangka, kedatangan ilmuwan Alizarin mengubah kehidupan Hexana dan keluarga Kiai Rubia untuk selama-lamanya.